В 1998 году защитил кандидатскую диссертацию по теме "Архитектура в венецианской живописи Возрождения".
Свою первую большую роль в кино Сергей Бодров-младший получил в 1995 году - он сыграл в ленте своего отца "Кавказский пленник". Картина получила несколько премий "Ника" (в том числе за лучшую мужскую роль и за лучший фильм), стала номинантом на "Оскар", победила на фестивале в Карловых Варах. Съемочная группа киноленты была удостоена Государственной премии.
Знаковой для Бодрова стала главная роль в фильмах "Брат" и "Брат-2", сделавшая его лицом своего поколения. Данила Багров в его исполнении стал ключевой российской кинофигурой 90-х годов, а кинокартины режиссера Алексея Балабанова - современной классикой отечественного кино.
Сергей Бодров сыграл в фильмах зарубежных режиссеров Пола Павликовского "Стрингер" (1998) и Режиса Варнье "Восток-Запад" (1999), поставленных на российском материале.
В 2001 году дебютировал в качестве режиссера фильмом "Сестры", в котором сыграл и небольшую роль. Фильм был удостоен Гран-при фестиваля "Кинотавр" за лучший дебют и приглашен на многие кинофестивали, среди которых Венецианский и "Фестиваль фестивалей" в Торонто.
В 2001 году Сергей Бодров снялся в фильмах "Медвежий поцелуй" режиссера Сергея Бодрова-старшего и "Война" режиссера Алексея Балабанова. Премьера этих картин состоялась в мае 2002 года. Роль в фильме "Война" была отмечена премией "Ника" в 2003 году как лучшая мужская роль второго плана.
Летом 2002 года Бодров начал работать над своим новым фильмом - мистической драмой "Связной" (рабочее название). Большая часть фильма должна была сниматься в Москве, а в Северной Осетии съемочной группе надо было отснять всего несколько эпизодов.
Вечером 20 сентября 2002 года в Кармадонском ущелье в Северной Осетии съемочная группа вместе с Сергеем Бодровым оказалась на пути ледника Колка, сошедшего в 20 часов 8 минут со склонов Кавказского хребта.
Крупномасштабные спасательные и поисковые работы не дали результата. 7 мая 2004 года было принято решение о прекращении поисков.
У Сергея Сергеевича Бодрова остались жена и двое детей - дочь Ольга (1998 года рождения) и сын Александр (2002 года рождения).