Последним близким другом Кустинской был ярославский поэт Алексей Филиппов. 24 декабря 2012 года в выпуске телевизионного ток-шоу «Пусть говорят», посвященном актрисе, ведущий Андрей Малахов назвал Филиппова последней любовью актрисы.
После смерти четвертого мужа Наталью Кустинскую ждал удар за ударом. Сначала умер ее семимесячный внук, у которого диагностировали гидроцефалию, а затем при загадочных обстоятельствах скончался и единственный сын Дмитрий, которому было 32 года. Согласно официальной версии, которую озвучила сама актриса, ее сына убили, и к этому делу была причастна его гражданская супруга Ольга. Она страдала от тяжелой наркотической зависимости, и вскоре погибла сама. Но, по утверждению Натальи Варлей, сын Кустинской и сам длительное время употреблял наркотики, а последние годы жизни был болен СПИДом, который и стал причиной его смерти.
С 1989 года Наталия Кустинская жила в малогабаритной двухкомнатной квартире в Москве, во Вспольном переулке. Сильно пила. Однажды, спускаясь на прогулку со своей собакой, артистка упала и ударилась головой о бетонную лестницу, получив открытую черепно-мозговую травм. Чудом оставшись жить, более не могла сниматься в кино. Новые попытки вновь вступить в брак заканчивались трагически. Стареющая актриса страдала не только от алкогольной зависимости. У нее был сахарный диабет, она страдала остеоартрозом, быстро располнела.
В 2010 году упала в ванной и получила травму позвоночника. С трудом оправившись, она пыталась вновь научиться ходить. Немногочисленные друзья, которые ее время от времени навещали, говорили о том, что она продолжает регулярно выпивать.
В феврале 2012 года, пытаясь встать с кровати, упала, сломав левое плечо. При этом ее атрофированные ноги угодили в раскаленную батарею. Пробыв в таком положении несколько часов, актриса получила ожоги ног четвертой степени, после чего стала совершенно лежачей. Надежд на ее выздоровление не было. В декабре 2012 года с диагнозом «пневмония» Кустинская попала в реанимацию Боткинской больницы в состоянии комы. В ней трудно было узнать прежнюю красавицу, покорившую миллионы мужских сердец. 10 декабря перенесла инсульт. Скончалась на 75-м году жизни 13 декабря 2012 года, не выходя из комы.