Мистическим образом капитан Колтер Стивенс приходит в себя в теле мужчины по имени Шон Фентресс, который едет в поезде. Колтер, который теперь уже Шон, не успевает понять что происходит, как мощнейший взрыв разносит поезд в щепки.
В следующее мгновение капитан приходит в себя и понимает, что он находится внутри капсулы «Исходного кода» – программы, которая может вселяться в тело человека в последние восемь минут его жизни. Задача Стивенса понять, кто устраивает взрыв поезда, прежде чем ещё одна страшная бомба взорвётся в Чикаго.
Уилл Шоу прилетел в отпуск в Испанию погостить с семьёй на яхте. Кто же знал, что вскоре отпуск превратится в кровавый кошмар. Уилл отправился на некоторое время в город, а по возвращении обнаружил, что вся его семья пропала. Он сразу же начал поиски, обратился в полицию. Вскоре выясняется, что его отец – агент ЦРУ. Семью похитили из-за некоего дипломата, так как похитители думают, что это отец Уилла его украл. Похитители выставляют требование: вернуть дипломата в обмен на жизнь семьи Уилла.
После длительных поисков родных Уилл узнаёт о международном заговоре и раскрывает тайны своего отца. Но для спасения семьи и всей страны у Уилла есть всего пару часов.
Спецагент Итан Раннер собирается уйти на пенсию, потому, что годы уже не те и ему сложно выполнять работу, где преобладают гонки, перестрелки и постоянный риск. Он хочет вести спокойную жизнь, но известие о том, что он смертельно болен, меняет все. Итану осталось жить несколько месяцев и спасти его может секретное лекарство, которое ему обещают взамен на выполнение тайного задания.