Фильм снимали три режиссера - Армен Арутюнян-Елецкий, Михаил Жерневский, Станислав Мареев. По словам режиссера Станислава Мареева, «Департамент» - один из лучших полицейских детективов, над которыми ему приходилось работать. Здесь интересный сценарий, яркий актерский ансамбль, динамичный монтаж и высокий уровень качества.
«Мы хотели снять сложный и интересный детектив для думающих зрителей», - рассказывает продюсер фильма Алексей Моисеев. – «Мы создавали качественный современный полицейский детектив. Например, экшн-сцены мы снимали с трех и четырех камер. В главных ролях у нас снимались Семен Шкаликов и Сергей Угрюмов, Андрей Соколов, Дарья Мороз, Сергей Газаров, Виктория Толстоганова. И даже в небольших ролях согласились сниматься и блестяще это сделали Михаил Трухин, Тимофей Трибунцев, Евгений Миллер, Михаил Ефремов, Павел Майков, Александр Робак и другие».
Дольше всего искали ведущую пару офицеров в отделе Зеленова и Жужукало, продюсеры с режиссерами сделали много проб, пока не остановились на актере театра Ленком Семене Шкаликове и актере театра под руководством Олега Табакова Сергее Угрюмове. Есть в «Департаменте» и лирические линии, поскольку Дарья Мороз и Сергей Угрюмов много играют в паре в театре, режиссеры увидели их вместе в фильме.
Семен Шкаликов и Сергей Угрюмов рвались все трюки на съемочной площадке выполнять самостоятельно. Так, Семен Шкаликов, сыгравший молодого следователя Зеленова, признался, что сняться в драке для него гораздо легче, чем выучить текст роли. Досталось и актрисе Дарье Мороз – в нее стреляли и скидывали с поезда и брали в заложники. «Всегда лучше, когда трюки выполняет не дублер, а сам актер. Это плюс и для персонажа, и для актера. Если это не сильно опасно, то лучше делать самому. Я стараюсь по возможности делать сам. Какие-то потасовки… То, что в моих силах… В «Департаменте» у нас были в основном сцены с драками — это не так сложно, как, например, какие-нибудь трюки на автомобиле со сложными перемещениями», — рассказывает Сергей Угрюмов.